Prieglobsčio ir migracijos programa Lietuvos Raudonajame Kryžiuje veikia nuo 1997 metų, kai Lietuvoje buvo ratifikuota 1951 m. Konvencija „Dėl pabėgėlių statuso“ su 1967 m. Protokolu „Dėl pabėgėlių statuso“ ir Lietuva tapo prieglobsčio valstybe. Pradėję nuo teisinės pagalbos teikimo prieglobsčio prašytojams, šiandien užsieniečiams, nepriklausomai nuo jų teisinio statuso, teikiame psichosocialinę pagalbą, humanitarinę pagalbą, teisinę pagalbą, šeimos ryšių atkūrimo, kuravimo paslaugas, atliekame priėmimo sąlygų ir prieglobsčio procedūrų stebėseną, užsiimame aktyvia advokacija atstovaudami užsieniečių interesus ir siekdami sisteminių pokyčių.

Veikia du užsieniečių integracijos centrai Kaune ir Klaipėdoje, kur užsieniečiai gali gauti nemokamas paslaugas vieno langelio principu ir keturios specialistų mobilios komandos Kybartų, Medininkų, Pabradės užsieniečių registracijos centruose ir Naujininkų pabėgėlių priėmimo centre, kurios teikia psichosocialinę pagalbą, humanitarinę pagalbą, organizuoja užsieniečių užimtumą, rūpinasi bendruomenės įtraukimu.